Фамилия Вагинова — женская форма фамилии Вагинов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — слово «вага» или производное от него прозвище Ваган. В русских говорах у слова «вага» несколько значений: тяжесть, груз, вес, а также рычаг, жердь для подъёма тяжестей, большая коромысловая весы. Человек, которого прозвали Вагой, мог быть силачом, грузчиком, весовщиком на рынке или мастером, работающим с рычагами. В северных и сибирских диалектах «вага» означала также колыбель-люльку, подвешенную к потолку, — тогда прозвище могло пристать к тому, кто делал такие люльки или постоянно качал ребёнка.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вагинов — сын Вагина, то есть потомок человека по прозвищу Вага. Модель образования типична для русских фамилий, но интересна тем, что основа нецерковная и не от имени, а от бытового прозвища, связанного с профессией или физической чертой. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные случаи разбираются как примеры фамилий от названий орудий труда и мер веса.

Есть и другая, более редкая версия: фамилия могла возникнуть от диалектного глагола «вагать» — шуметь, галдеть, ссориться. Тогда Вага — тот, кто любит покричать или затевает свары. Но эта гипотеза менее убедительна, поскольку глагол имеет узкорегиональное хождение, а значения «вес» и «рычаг» распространены шире.

Географически фамилия Вагинов встречается в основном на севере европейской части России — в Архангельской, Вологодской, Кировской областях, а также на Урале. Это логично: именно в этих регионах слово «вага» в значении «рычаг» и «весы» было в активном обиходе, а прозвища от ремёсел давали особенно часто. Важно, что Вагиновы не обязательно были дворянами или купцами — скорее всего, предки носили эту фамилию как крестьяне или посадские люди, занимавшиеся промыслом, связанным с тяжестями или торговлей.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Вагин, Ваганов, Вагачев — все они восходят к той же основе «вага», но с разными суффиксами. Вагинов отличается от них именно формой на -инов, которая встречается реже и указывает на более позднее оформление фамилии или на вариант, закрепившийся в конкретной местности.