Фамилия Вагинин — одна из тех, где на первый взгляд всё ясно, но при ближайшем рассмотрении открывается несколько возможных путей. Она образована по классической русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Вагинин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Вагиня. Суффикс -ин в таких фамилиях обычно крепится к основам на -а или -я, что и даёт форму Вагинин, а не Вагинов.

Самая прямая и правдоподобная версия ведёт к основе «вага». В северных и сибирских говорах вага — это не только рычаг для подъёма тяжестей, но и коромысло весов, а также, в переносном смысле, «вес», «тяжесть» или «важность». Прозвище Вага могли дать человеку грузному, степенному, либо, наоборот, насмешливо — тому, кто любил придавать себе излишнюю значительность. От этого прозвища через форму Вагиня (с уменьшительно-ласкательным или пренебрежительным суффиксом) и возникла фамилия. В ономастике такая цепочка обычна: прозвище → полуотчество → фамилия.

Менее распространённая, но не исключённая версия — отчество от уменьшительной формы крестильного имени. В качестве исходного имени могло выступать редкое в миру имя Вага, которое, в свою очередь, является сокращением от таких имён, как Вагин (от лат. vagus — «бродячий», что маловероятно для крестьянской среды) или, что более реалистично, от славянского имени Вадим. Однако форма Вагиня как производное от Вадима встречается редко, поэтому эта гипотеза уступает прозвищной.

Интересно, что фамилия Вагинин тяготеет к северным и центральным регионам России — Архангельской, Вологодской, Костромской областям. Именно там слово «вага» в значении «вес» и «рычаг» было в ходу, а модель образования фамилий на -ин от основ на -а особенно продуктивна. В южных областях та же основа чаще давала бы фамилию Вагин, без удвоенного суффикса.

Таким образом, предок современных Вагининых, скорее всего, получил прозвище Вагиня — либо за физическую крепость и основательность, либо, что не менее вероятно, за склонность к важничанью. Фамилия сохранила в себе архаичную северную лексику и чётко указывает на географию своего происхождения.