Фамилия Ваян — редкий пример, где звучание обманчиво напоминает русскую модель, а корень, скорее всего, иноязычный. Если бы фамилия оканчивалась на -ов или -ин, её происхождение было бы очевидным, но финаль -ян сразу выдаёт возможную связь с восточными или кавказскими языками. Самая вероятная версия — армянское происхождение. В армянском суффикс -ян (или -янц) указывает на принадлежность к роду, то есть Ваян — «из рода Ва». Основа «Ва» может быть сокращением от имени Ваан (армянский вариант имени Иоанн) или от Ваграм (тигр). Фамилии на -ян массово формировались в Армении и среди армянских диаспор, и Ваян вписывается в эту модель.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — русифицированная запись фамилии французского или валлонского корня Vayan, Voyen. Такие фамилии встречаются в Бельгии и северной Франции, и могли попасть в Россию через дворянские семьи или специалистов, приглашённых в XVIII–XIX веках. Однако массового бытования фамилии Ваян в русских документах не зафиксировано, что делает эту гипотезу слабой.

Третий вариант — искусственное происхождение. В советское время при смене фамилий могли образовывать новые по созвучию с иностранными, и Ваян могло возникнуть как сокращение или переделка более длинной фамилии. Но это уже область догадок.

С точки зрения словообразования, если бы фамилия была русской, её основу «Ва» можно было бы связать с глаголом «вать» (устар. «говорить»), но для русского прозвища такой корень нехарактерен. В любом случае, носитель фамилии Ваян почти наверняка имеет предков, говоривших на армянском языке, и фамилия несёт в себе память о родовом имени или прозвище.