Фамилия Вайнахий — редкий пример того, как этноним (название народа) становится родовым прозвищем. В её основе лежит слово «вайнах» (от чеченского и ингушского «вай нах» — «наш народ»). Так называют коренных жителей центральной части Северо-Восточного Кавказа: чеченцев (самоназвание нохчи), ингушей (самоназвание галгай), а также родственные им народы бацбийцев и кистинцев, переселившихся преимущественно на территорию современной Грузии.

Обращает на себя внимание окончание -ий. Это нетипично для русских фамилий, которые обычно заканчиваются на -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами русифицированная форма исходного кавказского прозвища или фамилии. Суффикс -ий мог закрепиться при оформлении документа, когда носителя записывали по модели «Вайнахский» или «Вайнахов», но со временем форма упростилась до Вайнахий.

Прозвище Вайнах мог дать себе или получить от соседей человек, подчёркивавший свою принадлежность к вайнахской общности. В многонациональной среде Кавказа такое прозвище указывало на этническую идентичность, а не на конкретное ремесло или черту характера. Со временем оно закрепилось за потомками как фамилия.

Встречается фамилия в основном на Северном Кавказе, в регионах проживания чеченцев и ингушей, а также в среде потомков переселенцев в Грузию (кистинцев). Из-за редкости словообразовательной модели (основа «вайнах» + окончание -ий) фамилия Вайнахий не имеет массовых однокоренных аналогов в русском ономастиконе, что делает её ярким маркером происхождения носителя.