Фамилия Вайпан — редкая, её происхождение вызывает вопросы даже у специалистов. На слух она не похожа на типичную русскую фамилию с суффиксами -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами фамилия-прозвище, образованная от сложения двух основ, что характерно для тюркских или кавказских языков.

Первый элемент «вай» в некоторых тюркских наречиях означает «горе», «беда», «бедствие». Второй элемент «пан» может восходить к персидскому «пан» — «защитник», «покровитель» (сравните с иранским «пан» в значении «пастух» или «господин»). В таком случае Вайпан — это сложное прозвище со значением «защитник от беды» или «тот, кто отводит горе». Встречаются фамилии подобной структуры у народов Северного Кавказа, особенно у кумыков и ногайцев, где сложение двух корней в прозвище — обычное дело.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла быть искусственно создана или изменена в XIX–XX веках. Например, при переписи населения или в результате адаптации иностранной фамилии к русскому звучанию. Встречаются единичные случаи бытования фамилии Вайпан в среде донских казаков, что может указывать на её появление в результате контактов с горскими народами.

Словообразовательная модель проста: окончание нулевое, фамилия не склоняется по русским падежам как типичная заимствованная. Это тоже указывает на её позднее вхождение в русский ономастикон. Сегодня фамилия остаётся крайне редкой, её носители живут в основном на юге России и в Закавказье.