Фамилия Войпан редкая и звучит не по-русски. Её происхождение почти наверняка не славянское, а финно-угорское, и географически она тяготеет к регионам, где исторически жили коми, удмурты или марийцы. В русских фамилиях нет модели с корнем «вой-» в значении «воин» (от «воевода» или «войско»), которая бы дала такое окончание. Поэтому искать в ней славянские корни — заведомо ложный путь.

Скорее всего, в основе лежит коми-пермяцкое или удмуртское слово «вой» — «ночь», «север» (в значении «ночная сторона»). Вторая часть «пан» в коми языке означает «рот», «устье» или «начало». Таким образом, «Войпан» могло быть прозвищем или топонимическим именем. Самый прямой смысл — «северный рот» или «устье северной реки», то есть человек, живший в устье реки, текущей с севера, либо на северной окраине. Вторая версия: «пан» — это «конец», и тогда «Войпан» — «конец ночи», то есть «рассвет». Прозвище могли дать человеку, родившемуся на заре.

Модель образования фамилии необычна. В русском языке фамилии на -ан, -ян обычно имеют суффикс принадлежности (Иван — Иванов, но не Иван). Здесь же мы видим чистую основу без патронимического суффикса. Это характерно для фамилий, которые пришли в русскую культуру из финно-угорской среды и не прошли полную русификацию. Фактически, фамилия Войпан — это застывшее прозвище или микротопоним, которое не стали переделывать в Войпанов.

Сравните с фамилиями Войшвилло, Войткевич — там литовские корни, но суффиксы уже польско-белорусские. Войпан стоит особняком: отсутствие суффикса указывает на относительно позднее вхождение в русский обиход, возможно, в XIX веке, когда перепись просто записала прозвище как есть.

Встретить носителей фамилии Войпан можно в Пермском крае, Республике Коми и Кировской области. Если ваши предки оттуда, то с высокой долей вероятности они были коми-пермяками или коми-зырянами, а фамилия произошла от названия места жительства или личного прозвища, связанного с ночью или севером.