Фамилия Вайтенков — редкий случай, когда суффикс -енков присоединился не к русскому, а к западному корню. Модель образования типична для южнорусских и украинских земель: суффикс -енков (вариант -енко) указывал на «сына» или «потомка». Но основа Вайтен- не из славянских языков.

Скорее всего, в основе лежит немецкое имя Witten или Witte, которое через польское или белорусское посредничество превратилось в Вайтен. Немецкое Witte означает «белый» (родственное английскому white) или же восходит к древневерхненемецкому witu — «лес». В первом случае прозвище могли дать светловолосому человеку, во втором — леснику или тому, кто жил у леса. В польском языке фамилия Wojten (от Wojciech) тоже могла дать вариант Вайтен, но это менее вероятно из-за звучания.

Суффикс -ков указывает на принадлежность: Вайтенков — буквально «сын Вайтена». Фамилия могла закрепиться за потомками немца-колониста, который переселился в Российскую империю при Екатерине II, или за обрусевшим выходцем из Прибалтики. Встречается она в основном в центральных и южных областях России, что подтверждает версию о миграции по линии немецких поселений.

В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется — она либо редкая, либо писалась иначе (Вайтинков, Войтенков). Современные носители, скорее всего, потомки тех, кто адаптировал западную фамилию под русскую модель, добавив типичный для крестьянской среды суффикс. Дворянских корней у Вайтенковых не прослеживается: такие фамилии обычно оставались у мещан или однодворцев.