Фамилия Вайтонис — редкий для России случай, когда перед нами не переоформленная на русский лад фамилия, а почти без изменений перенесенная из литовского или латышского языка. Её основа — личное имя Вайтонис, которое восходит к литовскому vaitas или латышскому vaitonis. В обоих языках эти слова означали не просто имя, а социальный статус: «староста», «деревенский старшина», «войт». В Великом княжестве Литовском войтами называли выборных глав общин, которые представляли интересы крестьян перед феодалом или государством.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: литовский суффикс -онис (-onis) образует отчества или фамилии по принципу «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». То есть Вайтонис буквально — «сын войта» или «потомок старосты». В русском языке эта фамилия сохранила исконное окончание, не получив типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это указывает на позднее вхождение в российский ономастикон: скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или мещанами из западных губерний (Ковенской, Виленской, Курляндской) и фамилия была записана в документах уже в XIX веке, когда имперская канцелярия фиксировала её в оригинальном виде.

В польском языке существует аналог — фамилия Wojtonis, которая образована от того же корня wojt (войт). В латышском варианте фамилия могла писаться как Vaitonis, а в литовском — Vaitonis или Vaitonys. Все эти формы означают одно и то же: указание на предка, занимавшего выборную должность деревенского старосты. Никакой другой распространённой версии происхождения у этой фамилии нет — редкая основа и прозрачная этимология не оставляют места для спекуляций.

В России фамилия Вайтонис встречается крайне редко, в основном в Санкт-Петербурге и в Калининградской области, что логично с учётом исторической близости этих регионов к Прибалтике. Сословно предки носителей фамилии в большинстве своём относились к крестьянству или мещанству, но не к дворянству — литовские и латышские фамилии на -онис редко фиксировались в дворянских родословных книгах.