Фамилия Войтонис — редкий пример балтийского влияния на восточнославянскую ономастику. Корень здесь литовский или латышский: «войтос» (лит. vaitas, лтш. vaitonis) — это «войт», то есть выборный староста сельской общины или судья. В Великом княжестве Литовском, куда входили земли современной Беларуси, Украины и западной России, должность войта была широко распространена. Фамилия Войтонис — это фактически «сын войта» или «потомок войта», где суффикс -ис (-onis) типичен для литовских фамилий, указывающих на происхождение (ср. Янонис, Адамонис).

В отличие от распространённых русских фамилий на -ов/-ин, модель Войтонис сохранила балтийскую огласовку. Её носители — скорее всего, потомки выходцев из Литвы или Жемайтии, которые оказались в среде восточных славян (особенно в Беларуси и на Смоленщине) и обрусели, но фамилию не переделали на русский лад. Встречаются также варианты написания: Войтонис, Вайтонис, Войтон — в зависимости от того, как записывали фамилию в метриках и ревизских сказках XIX века.

Спорных версий тут немного. Кто-то пытается вывести фамилию от немецкого Voigt (той же должности), но через польское посредничество — это излишнее усложнение. Балтийский корень очевиден, и именно он даёт ключ к социальному статусу предка: он не был крепостным, а занимал выборную или назначенную должность в общине. Войт мог быть и в сёлах, и в городах, поэтому географию фамилии стоит искать в бывших землях Речи Посполитой — от Виленщины до Подляшья.

Сейчас Войтонис — фамилия очень редкая. В России она встречается единично, чаще у белорусов и литовцев. Если вы носите эту фамилию, ваши корни почти наверняка ведут на запад — туда, где в XVI–XVII веках войты собирали налоги и вершили суд, а их дети получали прозвание, которое пережило века.