Фамилия Ваюкина (и её мужская форма Ваюкин) — редкий пример, где одно и то же прозвище могло означать прямо противоположные вещи. В основе лежит прозвище Ваюка, которое, скорее всего, восходит к глаголу «ваять». У этого слова в русских говорах было два непохожих значения: «выть, реветь, орать, плакать, вопить» и «высекать, вырезать от руки выпуклые или округлые подобия людей, животных или разные украшения». То есть Ваюкой могли назвать и плаксивого, крикливого, бранчливого человека, и скульптора, художника или любого мастерового, работавшего с резьбой.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который присоединялся к основам на -а/-я. Ваюкин — буквально «чей?» — сын или потомок Ваюки. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных регионах России. Поскольку в основе лежит прозвище, а не крестильное имя, фамилия Ваюкин относится к древнему пласту русских родовых имён, которые фиксировали не происхождение от святого, а личную черту или занятие первого носителя. О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно: процесс формирования фамилий был длительным, и без документов XVI–XVII веков нельзя утверждать, в какой именно губернии прозвище Ваюка впервые закрепилось как фамилия.