Фамилия Веденников — один из тех случаев, когда народная речь перекроила церковное слово на свой лад. В основе лежит имя Веденей — просторечная форма календарного имени Венедикт (от латинского benedictus — «благословенный»). В русских говорах имя Венедикт переделали в Веденей или Веденя, потеряв начальный слог и смягчив звучание: так называли мальчиков в крестьянской среде, не особенно заботясь о книжной правильности. От Ведени образовались фамилии Веденин, Веденяев, Веденяпин, а Веденников — вариант с суффиксом -ник, который встречается реже, но тоже укладывается в модель: от прозвища Веденник (человек, носящий имя Веденя) по принципу «чей сын?» — Веденников.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию не с именем, а с географическим названием — селом Веденное или Веденово. Такие топонимы есть в Нижегородской и Владимирской областях. В этом случае Веденников — «выходец из Веденного». Однако против этой гипотезы говорит суффикс: для прозвищ по месту жительства типичнее окончание -ский (Веденский) или -ов (Веденов). Форма Веденников скорее указывает на личное прозвище или отчество.

В ономастических справочниках фамилия не частотна. Её нет в обширных списках московского боярства или петербургского чиновничества — это фамилия из народной гущи, скорее всего, из северных или центральных губерний, где имя Веденей было в ходу. Интересно, что в некоторых говорах Веденником могли называть не только носителя имени, но и человека, имевшего отношение к «ведению» — знахарству или колдовству (от глагола «ведать»). Это редкая параллель, но полностью исключать её нельзя: прозвища на -ник часто обозначали род занятий (охотник, рыбник, плотник). Если предок был ведуном или знахарем, фамилия могла закрепиться за его потомками.

Так или иначе, Веденников — фамилия, которая сохранила живую народную фонетику: она звучит так, как её произносили в деревне, а не в церковной записи. Поиск в архивах по этой фамилии стоит начинать с метрических книг XIX века Владимирской, Костромской и Нижегородской губерний — там она встречается чаще всего.