Фамилия Ведухина образована от мужского имени или прозвища Ведуха, которое стоит в её основе. С этим словом связано два основных объяснения, и оба имеют право на существование.

Первая версия — церковная. Имя Ведуха могло быть просторечной, народной формой крестильного имени Венедикт. Латинское Benedictus переводится как «благословенный» или, по другой трактовке, «тот, о ком хорошо говорят». В таком случае фамилия отсылает к святому Бенедикту, основателю западного монашеского ордена. Это путь, типичный для множества русских фамилий: полное церковное имя в быту сокращали и переделывали на свой лад, а уже от этого обиходного варианта и возникала фамилия.

Вторая версия — прозвищная, и она выглядит не менее убедительно. Слово «ведуха» напрямую связано с «ведун» — знахарь, колдун, волшебник. На Руси так называли человека, который занимался врачеванием, знался с травами или, по народным поверьям, обладал тайными знаниями. Прозвище Ведуха могло закрепиться за предком именно по роду его занятий, а не по имени. Такие «профессиональные» фамилии в русской среде встречаются сплошь и рядом.

Вероятнее всего, фамилия Ведухина имеет прозвищное происхождение, поскольку слово «ведун» было широко распространено в народной речи, а имя Ведуха как форма от Венедикта — скорее редкий и локальный вариант. Спор между двумя этимологиями разрешить однозначно сложно, но обе они ведут к одному выводу: основатель рода носил имя или прозвище Ведуха, а его потомки стали Ведухиными.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «сын Ведухи». Это одна из стандартных моделей образования русских фамилий от основ, оканчивающихся на -а или -я. Фамилия Ведухина — женская форма, мужской вариант, соответственно, Ведухин.