Основой фамилии Ведухин послужило церковное имя Ведуха. Скорее всего имя Ведуха представляет собой просторечный вариант имени Венедикт, которое происходит от латинского слова benedictus со значением «благословенный», по другой версии – «тот, о ком хорошо говорят». Одним из святых покровителей этого имени является святой Бенедикт, которого называют «отцом западного монашества». Также возможно, что фамилия Ведухин образована не от имени, а от прозвища Ведуха, которое восходит к слову «ведун» - «знахарь, колдун, волшебник, ворожея». Согласно этому, вполне вероятно, что прозвище указывало на род занятий предка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ведуха, со временем получил фамилию Ведухин.