Фамилия Ведухин образована от имени или прозвища Ведуха. Самая прямая версия — имя Ведуха было просторечной, обиходной формой церковного имени Венедикт. Венедикт происходит от латинского benedictus, что значит «благословенный»; по другой трактовке — «тот, о ком хорошо говорят». В христианской традиции это имя известно по святому Бенедикту Нурсийскому, которого почитают как «отца западного монашества». В русской народной среде имя Венедикт нередко сокращали и переделывали, и форма Ведуха — одна из таких переделок.

Но у фамилии есть и вторая, более выразительная версия. Ведуха могло быть не именем, а прозвищем от слова «ведун» — знахарь, колдун, волшебник. В этом случае прозвище прямо указывало на занятие предка: он мог лечить людей, ворожить или считаться сведущим в тайных знаниях. В крестьянской среде такое прозвище могли дать не столько с опаской, сколько с уважением к его умениям.

Обе версии имеют право на существование, и выбрать между ними без точных записей о первом носителе сложно. Но словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Ведухи». Это типичный патроним (по отцу) или, в случае прозвища, матроним (по прозвищу отца). Фамилия Ведухин — одна из тех, где за бытовым звучанием скрывается либо церковное имя, либо древнее ремесло, и обе возможности одинаково правдоподобны.