Фамилия Ведунов происходит от прозвища Ведун. В его основе лежит древний глагол «ведать» — то есть «знать», а также «управлять, заведовать, распоряжаться по праву». Возможна и связь с глаголом «вести». Соответственно, Ведуном в старину называли человека умного, осведомленного во многих областях знаний. Это мог быть знахарь, управленец, заводила или вожак — человек с лидерскими качествами.

Модель образования здесь простая и распространённая: к основе Ведун- добавился патронимический суффикс -ов. Так на Руси формировали фамилии по отцу: сын Ведуна становился Ведуновым.

Существует и альтернативная версия, хотя она менее убедительна. Согласно ей, фамилия могла образоваться от производной формы мужского имени Бенедикт (в русском обиходе — Венедикт). В переводе с латыни оно означает «благословенный». В народе это имя могли переосмыслить и сократить до созвучного Ведун. Однако первая версия — от прозвища по роду деятельности или личным качествам — выглядит естественнее: она опирается на реалии древнерусского быта, где прозвища давали по профессии, уму или положению в общине.