Фамилия Вейкшнер — случай, когда написание почти полностью сохраняет звучание исходного немецкого слова. Основа здесь — Weichsner или Weichner, а в русской передаче добавилась вставная «к» для удобства произношения. Сама немецкая фамилия образована от weich — «мягкий», но не в прямом, а в переносном значении: так могли прозвать человека уступчивого, покладистого, незлобивого. Вторая версия, менее популярная, связывает корень с Weiche — «стрелочный перевод» или «железнодорожная стрелка», и тогда фамилия могла принадлежать стрелочнику или путевому обходчику. В пользу первого толкования говорит то, что фамилии с основой weich встречаются в немецких землях с XIII века, задолго до массового строительства железных дорог.

Суффикс -ner (в русском написании — -шнер) типичен для немецких фамилий, обозначающих профессию или характерное свойство человека. По сути, Вейкшнер — это германский аналог русских фамилий типа Добряков, Мягков. В Россию такие фамилии попали с волнами немецких переселенцев при Екатерине II и Александре I, когда в Поволжье, Причерноморье и на Волыни основывались колонии. Вейкшнеры могли быть как крестьянами-меннонитами, так и ремесленниками или мелкими торговцами в городах.

Особенность написания — сочетание «кш» — выдает позднюю фиксацию фамилии в документах, когда немецкое ch (читаемое как «х») уже передавали через «к». В более старых записях можно встретить вариант Вейхснер, но в XX веке закрепилась форма с «к». Фамилия редкая, не входит в массовые списки русских фамилий, а её носители в России — почти всегда потомки немецких колонистов, сохранивших исходное звучание через поколения.