Фамилия Вихер — редкий случай, когда корень не даёт однозначной подсказки. В русском языке слово «вихер» отсутствует, поэтому искать происхождение приходится через диалекты, имена и соседние языки. При этом сама фамилия звучит по-русски: её модель — чистая основа без суффикса, что типично для прозвищ, перешедших в фамилии без изменений (ср. Ветер, Гром, Шум).

Самая вероятная версия отталкивается от глагола «вихлять» или «вихнуть» — в северных и сибирских говорах так говорили о человеке, который ходит вразвалку, прихрамывает или вообще неуклюж. Прозвище Вихер могло закрепиться за тем, кто «вихляет» при ходьбе. Менее распространённое, но тоже возможное объяснение — связь с диалектным «вихор» (вихрь, порыв ветра), но с заменой конечного «р» на «ер» под влиянием местного произношения. В этом случае прозвище могло достаться человеку порывистому, быстрому или беспокойному.

Стоит учитывать и западный след. В польском и белорусском языках есть слово «wichr» (вихрь), а фамилия Wicher в Польше встречается нередко. Если предки Вихера жили на западе или юго-западе Российской империи, фамилия могла прийти оттуда и адаптироваться на русской почве. В таком случае значение то же — «вихрь», «буря».

География фамилии сегодня невысокая, но показательная: Вихеры встречаются в основном на севере европейской части России (Архангельская, Вологодская области) и в Сибири. Это косвенно подтверждает версию о северном диалектном корне. Суффикса -ов или -ин нет, а значит, фамилия не прошла стандартную для XIX века патронимическую обработку — возможно, она закрепилась в крестьянской среде, где прозвища часто оставались без изменений.

Единой и бесспорной этимологии у фамилии нет, но диалектная версия с «вихлять» выглядит убедительнее прочих: она объясняет и форму слова, и его нетипичное для русского языка окончание, и современную географию.