Фамилия Вильганюк — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а польское или белорусское слово «wilga», то есть «иволга». Суффикс -юк указывает на восточнославянскую, скорее всего украинскую или белорусскую, модель образования. Если отбросить окончание, корень «Вильган» — это не что иное, как диалектный вариант слова «вильга» (иволга) с озвончением или под влиянием польского написания. Иными словами, Вильганюк — это «сын человека, прозванного Иволгой».

Прозвище Вильга (или Вильган) могли дать по двум причинам. Первая — внешняя: яркая, заметная внешность, возможно, рыжие волосы или склонность к пестрой одежде, ведь иволга — одна из самых нарядных птиц наших широт. Вторая — по голосу: иволга поет звонко и мелодично, но иногда издает резкий, неприятный крик. Такое прозвище мог получить певец или, наоборот, человек с визгливым голосом.

Географически фамилия тяготеет к западноукраинским землям (Волынь, Подолье) и югу Беларуси, где польское влияние на язык было сильным. В России она встречается редко и чаще всего — результат миграций XIX–XX веков. Интересно, что в польском языке есть фамилия Wilgan, а форма с суффиксом -юк — это уже адаптация к украинской антропонимической системе, где этот суффикс означает «маленький» или «потомок» (как Бондарюк — сын бондаря).

В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, Вильганюк не крестьянская и не дворянская по происхождению — это типичная «прозвищная» фамилия, которая закрепилась в среде ремесленников или крестьян Западной Руси. Сословной привязки у неё нет: иволгу могли заметить и у пахаря, и у мельника. В документах фамилия не фиксируется до середины XIX века, что типично для регионов, где метрические книги вели на польском или латыни, а фамилии унифицировали уже при советской власти.