Фамилия Вильгодская — редкий случай в русской ономастике, где географическая основа почти наверняка имеет не славянское, а балтийское или финно-угорское происхождение. Формально это типичная «княжеская» или «дворянская» модель на -ский/-ская, указывающая на связь с местностью. Но если мы попробуем найти топоним «Вильгод» или «Вильгода» на карте, то не обнаружим ни одного крупного населённого пункта. Это подсказывает, что фамилия могла возникнуть от названия небольшого хутора, урочища или речки, которые не сохранились в современных справочниках.

Корень «Вильг-» заставляет обратиться к языкам соседних народов. В литовском языке есть слово «vilgyti» — мочить, увлажнять, а «vilga» может означать влажное место, топь. В карельском и вепсском языках встречаются основы «vilgu» — блеск, мерцание (например, отражение на воде). Таким образом, Вильгодская — это фамилия, образованная от прозвища или названия местности, связанной с водой, болотом или сырым лугом. Владельцы таких земель в Новгородской или Псковской губерниях, где балтийский и финно-угорский субстрат силён, могли получить фамилию по своему наделу.

Суффикс -ск- в женском варианте Вильгодская указывает на то, что фамилия, скорее всего, принадлежала не крестьянскому сословию, а либо обедневшим дворянам, либо духовенству, либо выходцам из мещан, получившим её при переходе на новое место жительства. В XIX веке семинаристы нередко получали фамилии по названиям сёл и деревень, где служили их отцы. Если священник служил в погосте при речке Вильгодке, его дети автоматически становились Вильгодскими.

Интересно, что фамилия почти не имеет однокоренных «родственников» в России. Изредка встречается вариант Вильгодский (мужская форма), но в целом это штучный экземпляр. Это говорит о том, что род был немногочисленным и географически локализованным. Сегодня носительницы фамилии Вильгодская могут с высокой вероятностью проследить свои корни до небольшого региона на северо-западе России — возможно, до территории современной Ленинградской или Псковской области.