Фамилия Вилкомир — редкий случай, когда географическое название стало родовым именем, но не через стандартную модель на -ский. Её основа — топоним Вилкомир, историческое название литовского города Укмерге (в польской и русской традиции до XX века). Носитель фамилии, скорее всего, происходил из этих мест или имел с ними прочную связь: владел землёй, вёл торговлю, либо просто получил прозвище по месту прежнего жительства.

Обращает на себя внимание отсутствие типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Форма Вилкомир — это чистая основа, без патронимического или посессивного оформления. Такие фамилии встречаются у выходцев из Речи Посполитой, особенно у шляхты и мещан, которые нередко брали фамилию прямо по названию своего имения или города (так называемые топонимические фамилии без суффикса). В русской среде подобная модель нетипична, что указывает на западнорусское, польское или литовское происхождение рода.

Само название Вилкомир имеет сложную этимологию. По одной версии, оно восходит к литовским корням Vilkas («волк») и mirti («умирать») или mirė («умер»), что даёт мрачноватое толкование «волчья смерть». По другой, более принятой в польской традиции, в основе лежит древнее имя Вилкомир (Wilkomir) — славянское двухосновное имя, где первая часть vil- может означать «великий» или восходить к тому же «волку», а -mir — «мир» или «слава». Таким образом, фамилия может быть вторичной и от личного имени, но связь с конкретным городом выглядит убедительнее: слишком много одноимённых топонимов в Литве и Беларуси.

Социальный статус первых носителей мог быть разным. Если фамилия возникла у шляхтича, владевшего местечком Вилкомир, — это знак принадлежности к мелкопоместной или средней шляхте. Если у мещанина или крестьянина, переселившегося из города, — фамилия просто фиксировала место выхода. В любом случае, Вилкомир — фамилия не массовая, а штучная, с чёткой географической привязкой к северо-востоку современной Литвы и прилегающим землям бывшего Великого княжества Литовского.

В современной России фамилия встречается редко, чаще — у потомков литовских и польских дворян, ассимилированных в XIX веке, или у людей, чьи предки мигрировали из западных губерний. Разобрать её по составу просто: корень Вилкомир — и есть вся фамилия, без дополнительных формантов. Это и делает её заметной на фоне типичных русских фамилий.