Фамилия Вильшонков — одна из тех, где за привычным русским суффиксом скрывается нерусская, скорее всего, западная основа. Разберём её по частям, чтобы понять, кем могли быть предки её носителей.

В центре фамилии — корень «Вильшон». Это не славянское имя и не древнерусское прозвище. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от географического названия или от личного имени, но переделанная на русский лад. Самый вероятный источник — немецкая или еврейская фамилия Вильшон (Wilshon, Wilshohn). В немецком языке она могла восходить к названию местности, например, к деревне с похожим корнем, или к личному имени, где «Wil-» (от Вильгельм) соединилось с «-shon» (красивый, прекрасный). В еврейской среде фамилия могла быть искусственной, созданной в XIX веке по модели немецких фамилий.

Русский суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «чей?» — Вильшонков, то есть сын или потомок человека по фамилии Вильшон. Такая модель типична для русских фамилий, которые давали по отцу: если отца звали, условно, Вильшон, то его дети становились Вильшонковыми. Суффикс «-к-» в данном случае не уменьшительный, а скорее фамильный, он часто встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или иноязычных основ, прошедших через русскую речь.

География фамилии подсказывает, что её носители жили на западе Российской империи, в черте оседлости, где смешивались русские, белорусские, еврейские и немецкие фамилии. Фамилия Вильшонков фиксируется в документах XIX века на территории современных Беларуси, Смоленской и Псковской областей. Это регион, где активно шла ассимиляция немецких колонистов и еврейского населения: их фамилии часто получали русские окончания при записи в ревизские сказки или метрические книги.

Таким образом, предки Вильшонковых, скорее всего, были выходцами из западных губерний, и их исходная фамилия звучала иначе — Вильшон, Вильшонский или даже Вильшонович. В русской среде её переделали в привычную форму на «-ов», а суффикс «-к» добавился, возможно, из-за того, что основа на «-он» звучала для русского уха как прозвищная (ср. Пантелеймон — Пантелеймонов, но и Пантелеев). Версия об искусственном происхождении от немецкого корня «Вильш» (дикий, вольный) менее вероятна, так как в русской ономастике такие прямые переводы редки.