Фамилия Вилюн — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский), что сразу наводит на мысль: перед нами нестандартная модель образования. Скорее всего, фамилия застыла в форме исходного прозвища или имени, а «-ун» на конце — не суффикс владения, а словообразовательный элемент самого прозвища.

Корень «вил-» отсылает к глаголу «вить» (вить верёвки, плести). Суффикс «-ун» в русских прозвищах часто обозначал деятеля по характерному действию: говорун, крикун, плясун. Соответственно, Вилюн — это «тот, кто вьёт», то есть витель, изготовитель верёвок, канатов, плетёных изделий. В старину такое ремесло было распространено повсеместно, и прозвище мастера легко могло стать фамилией без всяких дополнительных суффиксов, особенно в среде, где фамилии только начинали закрепляться.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «вилюн» могло быть диалектным словом, означающим извилистый ручей, излучину реки, или же прозвищем изворотливого, увёртливого человека («вилять»). Но эта гипотеза слабее: прозвища от черт характера с суффиксом «-ун» встречаются реже, чем профессиональные, и обычно имеют более экспрессивную окраску (например, «вихляй»).

Географически фамилия Вилюн почти не встречается в центральных областях России. Единичные носители зафиксированы на западе и юго-западе страны, а также среди потомков переселенцев в Сибири. Это косвенно подтверждает, что фамилия могла возникнуть в среде, где фамилии на -ун (без суффикса -ов) были нормой — например, на Украине или в Белоруссии, где форма «Вилюн» могла быть украинизированным вариантом прозвища Виля (от «виляти» — вилять, уклоняться).

В любом случае, фамилия Вилюн — редкий образец «застывшего» прозвища, не переоформленного в типичную русскую модель. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был либо ремесленником-верёвочником, либо человеком с характерной манерой поведения, и его прозвище закрепилось за потомками без изменений.