Фамилия Винидеев — редкий случай, когда основа, на первый взгляд, очевидна, но при ближайшем рассмотрении ставит в тупик. В ней легко угадывается корень «вин», отсылающий к вину, однако прямой связи с виноделием или торговлей вином, скорее всего, нет. Дело в суффиксе. Фамилия образована по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -еев, что указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивавшегося на -ей. Винидей — вот гипотетическое исходное личное имя или прозвище.

Самая правдоподобная версия связывает Винидея с каноническим церковным именем Венедикт (от латинского Benedictus — «благословенный»). В народной речи имя Венедикт претерпело множество сокращений и переделок: Венедихт, Венедей, Винидей. Фонетически закономерно: безударное «е» перешло в «и», а «кт» на конце упростилось до «й». Таким образом, Винидеев — это «сын Винидея», то есть потомок человека, которого в крещении нарекли Венедиктом. Аналогичным образом из Венедикта появились фамилии Винидиктов, Венедиктов, Венедихтов и просто Венедеев.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвищное происхождение. В русских говорах «винидей» могло быть ироничным прозвищем любителя выпить, человека, который «деет вино» (то есть делает или употребляет). Однако такая прозрачная мотивация для фамилии встречается реже, чем переосмысление церковного имени. К тому же, в старых документах форма Винидей встречается именно как народный вариант Венедикта.

Фамилия редкая, и её география не позволяет сделать однозначных выводов о сословной принадлежности предков. Можно лишь предположить, что носители фамилии происходят из среды, где имя Венедикт было распространено, а его разговорная форма закрепилась в качестве родового прозвания. В отличие от фамилий на -ов/-ев от полных форм (Венедиктов), Винидеев — пример более «домашнего», обиходного варианта, что характерно для крестьянской и мещанской среды, где имя в быту сильно сокращали.