Фамилия Виниковецкий — редкий случай, когда географический корень и польский суффикс соединились в одной модели, но при этом сама фамилия почти не встречается за пределами нескольких регионов. Если разбирать её по составу, сразу бросается окончание -цкий: это классический признак шляхетских или дворянских фамилий Речи Посполитой, а также украинских и белорусских фамилий, образованных от названий мест. Суффикс -ов- в середине (Виников-ецкий) указывает на притяжательность: «принадлежащий к Виникову» или «родом из Виниковца».

Основа — Виник. Скорее всего, это не личное имя, а топоним. На картах Украины и Беларуси встречаются сёла и хутора с названием Виниково, Виниковцы, Виниковка. Например, в Хмельницкой области есть село Виниковцы, а в Тернопольской — Виниково. Фамилия Виниковецкий буквально означает «тот, кто из Виниковцев» или «владелец поместья Виниково». Такая модель типична для мелкой шляхты, которая брала фамилию по названию своего имения или места рождения.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища Виник. В украинском и белорусском языках «виник» — это веник, метла из веток. Прозвище могли дать человеку, который делал или продавал веники, либо насмешливо — за неухоженный вид или «лохматую» причёску. Но в таком случае фамилия скорее звучала бы как Виников или Виниченко, а не Виниковецкий. Суффикс -цкий жёстко привязывает основу к месту, поэтому топонимическая версия убедительнее.

В дореволюционных документах фамилия фиксируется в Волынской и Подольской губерниях, что подтверждает её западное происхождение. Носители могли быть как православными, так и католиками — в этих краях фамилии на -цкий носили и крестьяне, и обедневшие шляхтичи. Встречаются варианты написания: Виниковецкий и Виниковецький (с мягким знаком), что отражает украинскую фонетику. Редкость фамилии (по открытым данным, в России её носят менее ста человек) говорит о том, что род не разветвился широко и сохранил локальную привязку к одному-двум сёлам.