Фамилия Винойко звучит непривычно для русского уха — и это первый ключ к её происхождению. Она образована по модели, типичной для украинских и белорусских фамилий, с суффиксом -ко. Этот уменьшительный или, точнее, «сыновний» суффикс (как в фамилиях Шевченко, Коваленко) указывает на то, что предка называли по имени, прозвищу или занятию отца: Винойко — это «маленький Вина» или «сын Вины».

Основа «Вин-» здесь — самое интересное. Она может восходить к нескольким источникам. Самая очевидная версия — от имени Вина, которое в старину было сокращённой формой от полных христианских имён, например, Викентий (латинское «побеждающий») или Венедикт (от лат. «благословенный»). В украинской и белорусской традиции такие усечения были обычны: Вина, Винько.

Другая, менее вероятная, но возможная версия — от прозвища, связанного с глаголом «винить» или существительным «вина». В таком случае прозвище мог получить человек, на которого часто взваливали вину, или, наоборот, тот, кто сам любил обвинять других. Однако для фамилии с уменьшительным суффиксом такая основа встречается реже: обычно прозвища с негативным оттенком не «смягчали» суффиксом -ко, а оставляли в грубой форме.

Географически фамилия Винойко почти наверняка западного происхождения — скорее всего, из исторических регионов Подолья, Волыни или Галиции. В России она встречается редко и, как правило, у потомков переселенцев с Украины или из Беларуси. В XIX веке носители такой фамилии были преимущественно крестьянами или мещанами, и никакого отношения к дворянским родам она не имеет — это просто «сын Вины», чей отец, вероятно, носил сокращённое крестильное имя.