Имя Виньямин является вариантом имени Вениамин, которое, в свою очередь, происходит из еврейского языка и означает «сын правой руки», в переносном значении - «сын любимой жены». Имя Вениамин было популярно в старину, потому что часто встречалось в святцах. В истории православия встречается несколько святых покровителей имени Вениамин. Наиболее известен Вениамин Печерский, который жил в XIV веке и до принятия монашества был «купцом великим». Однако, раздав все свое имущество бедным, Вениамин стал иноком. День памяти этого святого приходится на 10 октября. Скорее всего, основатель рода Виньяминовых был человеком с высоким социальным статусом. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Виньямин, со временем получил фамилию Виньяминов.