Фамилия Виньяминова — редкий вариант на -ов, образованный от имени Виньямин. Это фонетическая или диалектная форма канонического имени Вениамин, которое восходит к древнееврейскому Биньямин и означает «сын правой руки», а в переносном смысле — «сын любимой жены». Имя Вениамин часто встречалось в святцах, поэтому было популярно в старину среди всех сословий.

В православии известно несколько святых с этим именем. Самый известный — преподобный Вениамин Печерский, живший в XIV веке. До пострига он был «купцом великим», но раздал имущество бедным и ушёл в монастырь. Его память отмечают 10 октября. Выбор именно такой основы для фамилии — Виньяминов, а не Вениаминов — говорит о том, что в семье имя произносили в народной, упрощённой форме. Это характерно для среды, где письменная норма не всегда совпадала с устной речью.

Словообразовательная модель проста: к основе Виньямин добавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Виньяминов). Первоначально так называли сына, внука или потомка человека по имени Виньямин. Поскольку имя было крестильным, а не прозвищным, основатель рода, скорее всего, был человеком заметным в своей общине — возможно, купцом, священником или зажиточным крестьянином. Фамилия закрепилась в среде, где ценили церковные имена, но произносили их по-своему.

Отдельного внимания заслуживает написание: фамилия Виньяминова с мягким знаком перед «я» — редкий случай. Обычно такие формы (Виньяминов, Виньяминова) встречаются в южнорусских и украинских говорах, где смягчение согласных перед гласными переднего ряда более выражено. В сравнении с однокоренными Вениаминов и Веньяминов этот вариант самый нетипичный и географически локализованный. Если у вас именно такая фамилия, велика вероятность, что корни семьи — в регионах с сильным южнорусским или украинским влиянием.