Фамилия Виньяминовы — редкий пример того, как церковное имя обрастало народными вариантами. В её основе лежит имя Виньямин, которое представляет собой просторечную форму канонического имени Вениамин. Само имя Вениамин пришло из древнееврейского языка и означает «сын правой руки» или, в переносном смысле, «сын любимой жены». В русской традиции имя Вениамин было широко распространено благодаря святцам: одним из почитаемых покровителей считается Вениамин Печерский, живший в XIV веке. До пострига он был богатым купцом, но роздал имущество бедным и ушёл в монастырь; его память отмечают 10 октября.

Фамилия образована по стандартной модели русских фамилий на -ов: к основе Виньямин добавили патронимический суффикс, указывающий на принадлежность потомку человека с таким именем. То есть Виньяминовы — это буквально «дети Виньямина». Интересно, что гласная «и» в первом слоге вместо ожидаемой «е» — результат народного произношения: имя «Вениамин» в устной речи часто звучало как «Виньямин», особенно в диалектах, где «е» переходило в «и» перед мягкими согласными.

О точной географии фамилии говорить сложно: она встречается редко и не привязана к какому-то одному региону. Процесс закрепления фамилий в крестьянской среде завершился только к концу XIX века, поэтому Виньяминовы могли появиться в разных губерниях независимо друг от друга. Сама фамилия — живая иллюстрация того, как книжное церковное имя адаптировалось в быту, меняя звучание, но сохраняя связь с библейским первоисточником.