Имя Виньямин является вариантом имени Вениамин, которое, в свою очередь, происходит из еврейского языка и означает «сын правой руки», в переносном значении - «сын любимой жены». Имя Вениамин было популярно в старину, потому что часто встречалось в святцах. В истории православия встречается несколько святых покровителей имени Вениамин. Наиболее известен Вениамин Печерский, который жил в XIV веке и до принятия монашества был «купцом великим». Однако, раздав все свое имущество бедным, Вениамин стал иноком. День памяти этого святого приходится на 10 октября. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Виньямин, со временем получил фамилию Виньяминов.