Фамилия Вирухина — женская форма, но в разговоре о происхождении всегда имеют в виду мужской вариант, Вирухин. Он образован по простой и прозрачной модели: к основе «Вирух-» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — «сын Вирухи» или «человек из семьи Вирухиных». Сама же основа — это разговорная или уменьшительная форма личного имени.

Ключ к разгадке — в корне «Вир-». Скорее всего, это производное от канонического крестильного имени Вириней (Виринея в женском варианте). Имя греческого происхождения, означает «цветущий», «свежий», «юный». В народной среде длинные имена сокращали и добавляли ласкательные суффиксы: так из Вириней получался Вируха, а затем и Вирухин. Встречается и более редкая версия: от имени Вир, которое могло быть краткой формой от Вирилад или Вириней. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «вира» — так в некоторых говорах называли водоворот или омут, но для прозвища это слишком узкое и маловероятное значение.

Географически фамилия Вирухины встречается нечасто, но имеет заметный след в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Рязанской областях, а также в Поволжье. Это указывает на то, что фамилия возникла в среде крестьян или посадских людей, где были распространены именно такие «домашние» формы церковных имен.

С точки зрения словообразования, фамилия Вирухин стоит в одном ряду с такими же «усеченными» фамилиями, как Веригин (от Верига — форма имени Верик), Минихин (от Миниха — форма имени Мина). Её главная особенность — сохранение редкого греческого корня, который в полной форме почти вышел из обихода, но закрепился в фамильном прозвище.