Фамилия Виссарионов — одна из тех, что образованы напрямую от полного церковного имени, без промежуточных уменьшительных форм. В основе лежит мужское имя Виссарион. Это имя пришло на Русь из Византии вместе с христианством, хотя корни у него древнегреческие.

В античной Греции имя Βησσαρίων (Бессарион) означало «лесной» — так называли человека, связанного с лесом, возможно, жившего в чаще или носившего диковатый нрав. Однако в христианской традиции закрепилось и другое толкование: «дающий жизнь». Такая смысловая двойственность не редкость для имён, перешедших из языческой культуры в церковный обиход.

Святым покровителем имени считается преподобный Виссарион Египетский (V век). Он ушёл в пустыню ещё в юности, вёл жизнь строгого аскета: постился, беспрестанно молился и, по преданию, творил чудеса. Особо почитался за то, что непрестанно думал о людских грехах и молитвой исцелял страждущих. На Руси имя Виссарион всегда было редким, книжным — его давали чаще в монашестве или в семьях с сильной церковной традицией.

Модель образования фамилии проста и типична для русской ономастики: к основе имени Виссарион добавляется патронимический суффикс -ов. Это буквальный ответ на вопрос «чей сын?» — сын Виссариона. Со временем притяжательное прилагательное закрепилось как наследственная фамилия. Важно отметить, что в старых документах встречается написание Виссарионов с двумя «с» — Виссарионов, что отражало греческое произношение, но в современном русском языке нормативным считается вариант с одной «с» в корне.

Социально фамилия Виссарионов почти наверняка принадлежала потомкам духовенства или, реже, образованных горожан. В крестьянской среде такое имя было маловероятно из-за его длины и небытового характера. Поэтому искать предков-носителей фамилии стоит не в крепостных деревнях, а среди священнослужителей, дьяконов или монахов. Сравните с однокоренными, но более адаптированными фамилиями: Виссарионов — полная форма, тогда как Висарионов или Висаров — результат упрощения имени в бытовой речи.