Фамилия Витушнова — женская форма, а мужская, Витушнов, образована с помощью патронимического суффикса -ов. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Витушн(ый). Чтобы понять корень, нужно отсечь суффикс, и тогда остаётся Витуш-. Это усечённый вариант от полного имени Вит (Виктор, Виталий) с характерным для русских говоров суффиксом -уш-, который придаёт уменьшительно-ласкательный или просторечный оттенок. Сравните: Ваня — Ванюша, Коля — Колюша, Витя — Витюша. Форма Витуш — это простонародное произношение: безударное «ю» редуцировалось, и Витюш превратился в Витуш. Дальше к этой основе добавили суффикс -н-, который в фамилиях часто указывает на принадлежность: Витушный — «относящийся к Витушу», то есть сын или человек из рода Витуша.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был крестьянином или посадским человеком, которого в быту звали Витуш (или Витуша). Такие прозвища давали не по паспорту, а по домашнему имени — в документах XVII–XVIII веков масса примеров, когда в одной семье мужа записывали по крестильному имени, а соседи звали его уменьшительным. Фамилия могла возникнуть в центральных или южнорусских областях, где суффикс -уш- особенно распространён. Встречается также вариант Витушников — от названия профессии (витушник, кто делает витушки, то есть плетёные изделия или крендели), но здесь суффикс -н- указывает скорее на прозвищную, а не профессиональную основу.

В ономастических словарях фамилия Витушнов нечастая, но однокоренные — Витушкин, Витюшов, Витухин — подтверждают общую модель. Если верить географии, носители фамилии встречаются в Воронежской, Тамбовской и Ростовской областях, что косвенно указывает на южнорусский ареал бытования исходного прозвища.