Фамилия Внуковские почти всегда указывает на связь с конкретным местом. Её основа — топоним Внуково: так в России назывались и называются несколько деревень и сёл. Человек, переселившийся из такого селения, получал прозвище Внуковский, то есть «выходец из Внукова». Со временем это прозвище закрепилось за его потомками как фамилия.

Суффикс -ск- в этой фамилии — типичный для польской, украинской и западнорусской ономастики. Он указывает не на отчество, а на принадлежность к роду, владевшему или жившему в определённой местности. Поэтому фамилия Внуковские (во множественном числе) чаще всего бытовала в тех краях, где оседали целые семьи или роды из одного села.

Есть и вторая версия, менее вероятная для формы на -ские. Согласно ей, в основе лежит прозвище Внук — так могли назвать сироту, которого воспитывали бабушка с дедом. В этом случае фамилия Внуковские — отчество второго порядка: сын Внукова, то есть внук человека по прозвищу Внук. Академик С. Веселовский в «Ономастиконе» приводит похожие примеры: князь Дмитрий Григорьевич Внучек Щепин-Ростовский и Семен Григорьевич Внук Данилов (начало XVI века). Однако для фамилий на -ские такая модель встречается реже, чем для фамилий на -ов и -ин.

Географическая версия выглядит убедительнее: она объясняет и типичный суффикс, и связь с конкретными русскими деревнями. Точное место и время возникновения фамилии Внуковские установить сложно — процесс формирования фамилий был долгим и шёл в разных регионах по-разному. Но ясно одно: она принадлежит к тому пласту русских фамилий, которые хранят память о малой родине предков.