Фамилия Водницкий — яркий пример того, как географическое название или прозвище, связанное с водой, закрепилось в родовом имени. Её основа — «водн-», восходящая к слову «вода» или к названию населённого пункта вроде Водное, Водный, Водники. Суффикс «-ицк-» (в форме «-цк-» после корня) указывает на типично польскую или западнорусскую модель образования фамилий от топонимов. В польской традиции суффикс «-ицкий» часто означал «выходец из такого-то места» — например, Водницкий мог быть человеком, чьи предки жили в селе Водница или Водники. В русском языке такие фамилии нередко возникали у дворян или священников, которым давали фамилии по названию их имения или прихода.

Вторая, не менее правдоподобная версия — прозвищное происхождение. Водницким могли назвать человека, чья жизнь была тесно связана с водой: рыбака, перевозчика на реке, мельника у водяной мельницы или даже того, кто жил у колодца. В говорах северных и центральных губерний слово «водник» встречалось в значении «водовоз» или «работник на воде». Суффикс «-ий» в таких прозвищах (Водницкий — буквально «сын Водника») закреплял принадлежность к роду.

С точки зрения словообразования, фамилия Водницкий стоит в одном ряду с более частыми Водневым, Водяновым, но отличается именно суффиксом, который выдаёт либо польское влияние (через Речь Посполитую на западных землях), либо позднее искусственное образование в семинарской среде. Известно, что в XIX веке духовные училища нередко давали фаворитам «водные» фамилии — по названиям рек или озёр, где стоял храм. Если Водницкий — семинарская фамилия, то её могли получить выпускники из прихода при церкви на Водной улице или у Водяных ворот.

География фамилии сегодня размыта, но её корни уверенно тянутся к западу и северо-западу России — в Псковскую, Смоленскую, Брянскую области, а также в Беларусь и Польшу. Встречаемость невысокая, что делает фамилию редкой и ценной для генеалогии: каждый носитель, скорее всего, связан с одной из немногих родословных ветвей, а не с массовым крестьянским прозвищем.