Фамилия Водникова — женская форма фамилии Водников, и её происхождение напрямую связано с образом жизни предка. Вопреки ожиданию, основа здесь не «вода» в бытовом смысле, а конкретное занятие. Древнерусское слово «водник» означало не просто «связанный с водой», а человека, который занимался перевозкой грузов по рекам — лоцмана, кормчего или судовладельца. В северных и волжских говорах «водником» также называли опытного речника, знающего фарватер. Таким образом, предок носительницы этой фамилии, скорее всего, был профессиональным судоводом или владельцем речного судна.

Суффикс -ов- указывает на типичную модель образования русских фамилий от профессий или прозвищ: сначала возникло прозвание Водник (по занятию), затем его потомки стали Водниковыми. Важно отметить, что фамилия не могла произойти от абстрактного «водяного» или «воды» — в старину такие прозвища давали только по конкретному ремеслу. Географически фамилия чаще всего встречается в регионах с развитым речным судоходством: в Архангельской, Вологодской, Нижегородской областях, а также в Поволжье.

Встречается и редкая версия, связывающая фамилию с прозвищем Водник у переселенцев, которые «водили» людей или грузы через болота и топи. Но она менее убедительна, так как слово «водник» в значении «проводник» не зафиксировано в диалектных словарях. Поэтому основная версия — ремесленная. Водниковы не были дворянами или духовенством: это фамилия, типичная для крестьянского и купеческого сословия, чей промысел был привязан к рекам.