Фамилия Воднякова — женская форма, а её мужской вариант Водняков. В основе лежит прозвище или профессиональное имя Водняк. Слово «водняк» в русских говорах имело несколько значений: так могли называть человека, живущего у воды, рыбака, перевозчика или того, кто работает на воде (например, бурлака). В некоторых диалектах «водняком» называли водяного — мифологического хозяина водоёмов, но прозвище вряд ли давали в честь нечистой силы, скорее по месту жительства или роду занятий.

Образование фамилии типично для восточнославянской модели: к основе Водняк- добавлялся суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Водняков), а затем появлялась женская форма Воднякова. Суффикс -як характерен для украинских и южнорусских говоров, где он образовывал имена по признаку (ср. Дубняк, Гуляк, Рыбак). Это указывает на возможное происхождение фамилии с территории современной Украины или юга России.

В отличие от более распространённых Водяников или Водяновых, фамилия Водняков/Воднякова встречается реже. Она могла закрепиться за одной ветвью рода, где предок носил устойчивое прозвище Водняк. Встречается также вариант написания с одной «н» — Водяков, но в таком случае основа иная (от «водяной» или «водяк»).

Таким образом, носительница фамилии Воднякова может с большой вероятностью считать, что её предки были людьми, чья жизнь была тесно связана с водой: жили на берегу реки или озера, занимались рыболовством, перевозкой грузов или работали на водяной мельнице.