Фамилия Водяков — одна из тех, где значение лежит на поверхности, но не всё так однозначно. Самый очевидный и распространённый вариант: основа «водяк» — это человек, связанный с водой. В северных и центральных говорах России «водяком» называли водяного, духа водоёмов. Но прозвище с таким значением давали не сказочному существу, а живому человеку — скорее всего, угрюмому, молчаливому или живущему у воды, например, рыбаку, лодочнику или мельнику. Второе, более прозаичное значение «водяка» — водянистая пища, жидкая похлёбка. Такое прозвище мог получить человек, предпочитавший пустую еду, либо бедняк, у которого в доме всегда была только вода.

Модель образования стандартна для русских фамилий XVII–XIX веков: суффикс -ов (Водяков) добавлялся к основе Водяк, указывая на принадлежность: «сын Водяка». Суффикс -як в прозвищах часто имел уменьшительный или пренебрежительный оттенок, но мог и просто характеризовать человека по занятию или внешности (ср. Рыбак, Кожемяка). Поэтому Водяков — это потомок человека, которого окрестили Водяком за связь с водой или за особенности характера.

География фамилии довольно широкая, но заметный след оставила на Русском Севере и в Вятском крае. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с этой фамилией в Архангельской и Вологодской губерниях. Это подтверждает связь с водными промыслами: в тех краях вода была и кормилицей, и главной дорогой. В более южных областях фамилия встречается реже, что косвенно указывает на её северное происхождение.

Интересная деталь: ударение в фамилии исторически могло падать как на второй слог (Водяко́в), так и на первый (Во́дяков). В современном употреблении чаще слышен вариант с ударением на «я», но в старых записях встречается и «Водяков» с ударением на «о», что могло менять смысл: «водяков» (от «водяной») против «водяков» (от «водить»). Правда, версия с глаголом «водить» менее убедительна — для этого была бы форма Водовод или Водилов.