Фамилия Водягин образована от прозвища Водяга. В его основе — нарицательное «вода». Скорее всего, такое прозвище относилось к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности предка. Возможно, основатель рода Водягиных был рыбаком или мореходом — человеком, чья жизнь была тесно связана с водой.

Модель образования фамилии проста и типична для русского севера и центра: к основе Водяг- добавили фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Водяги). Форма Водягины — это уже множественное число, обозначающее весь род в целом.

Не исключено, что в прозвище Водяга предки вкладывали и особый символический смысл. В славянской мифологии вода — одна из основных стихий мироздания (наряду с землей, воздухом и огнем): опора, на которой держится земля, источник жизни и средство магического очищения. Очистительная символика воды раскрывается во многих обрядах: хождение за водой, внесение её в дом; обливание людей, животных, построек; умывание «новой» водой; заговаривание воды, предназначенной для лечения больных. Поэтому прозвище могло закрепиться за человеком, который проводил такие обряды или считался хранителем водных источников.

Стоит обратить внимание на суффикс -яг- в основе Водяга. В русских прозвищах он встречается нечасто, но придаёт слову оттенок просторечия или ласкательности (сравните: бедняга, миляга). Водяга — не просто «водный», а скорее «водяной человек», «любитель воды». Это отличает фамилию от более распространённых Водиных, Водников или Водопьяновых.

О точном месте и времени возникновения фамилии Водягин сейчас говорить сложно — процесс формирования фамилий был длительным. Однако её основа прочно связана с водой, которая в русской культуре значила не меньше, чем хлеб и земля.