Фамилия Водяхин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Водяхин послужило церковное имя Бенедикт. Имя Водяха представляет собой вариант имени Водонай (Веденей), которое в свою очередь является просторечной формой крестильного имени Бенедикт (Венедикт). В переводе с латыни это имя означает «благословенный». Святым покровителем этого имени является святой Бенедикт Нурсийский, которого называют «отцом западного монашества». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Водяха, со временем получил фамилию Водяхин. О точном месте и времени возникновения фамилии Водяхин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Водяхин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.