Фамилия Водяхин образована от имени или прозвища Водяха. Самая вероятная версия связывает его с просторечной формой крестильного имени Бенедикт (в русской традиции — Венедикт). Если отталкиваться от этой гипотезы, то Водяха — один из народных вариантов в ряду Веденей, Водонай, Водяха. Латинское Benedictus означает «благословенный», а небесным покровителем считается святой Бенедикт Нурсийский, известный как «отец западного монашества». Со временем потомки человека по имени Водяха получили фамилию Водяхин по типичной русской модели: основа на -а плюс суффикс принадлежности -ин.

Однако возможна и другая, бытовая версия. Водяхой в говорах могли прозвать человека, связанного с водой: рыбака, перевозчика, лодочника или того, кто жил у реки. В русских диалектах слово «водяха» фиксируется в значении «водяной» (дух) или как шутливое прозвище водолюба. В этом случае фамилия не имеет отношения к церковному имени, а происходит напрямую от прозвища по занятию или месту жительства.

Фамилия редкая и нечастотная. Её география тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где были развиты речные промыслы. Иногда встречается написание Водякин — с тем же корнем, но с другим суффиксом, что указывает на вариант образования от той же основы.

Однозначно выбрать одну из версий сложно: обе лингвистически состоятельны. Но если судить по словообразовательной модели, то версия с прозвищем от «воды» выглядит прозрачнее для носителя языка, тогда как имя Бенедикт в форме Водяха — результат сложного фонетического преобразования, которое требует отдельного пояснения. В любом случае, фамилия Водяхин — пример того, как за привычным звучанием может скрываться либо древнее каноническое имя, либо меткое народное прозвище.