Фамилия Вокшин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит нецерковное имя или прозвище Вокша. Такие имена на -ша в древнерусской традиции часто образовывались как уменьшительные или пренебрежительные формы от других имён (ср. Мокша, Кокша, Токша).

Самая правдоподобная версия связывает основу с глаголом «вокшаться» или «вокшить» — в некоторых северных и сибирских говорах это означало «медлить, копаться, возиться с чем-то бестолково». Человек, получивший прозвище Вокша, мог быть нерасторопным или излишне дотошным, «возильщиком». Есть и более прозаичное объяснение: в диалектах «вокша» — это снасть для ловли рыбы, своего рода верша. Тогда Вокшей называли рыбака, мастера по плетению таких снастей.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Вокшин — это «сын Вокши» или «человек из семьи Вокши». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я (Пушкин, Ильин, Мышкин).

Географически фамилия тяготеет к северу России, особенно к Архангельской и Вологодской областям, где диалектная лексика хорошо сохранилась. Встречается она и в Сибири, куда переселенцы принесли свой говор и прозвища.

В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от полных крестильных имён (Иванов, Петров), Вокшин — пример чисто бытового, прозвищного происхождения. Связи с еврейским языком (идиш) или тюркскими корнями, которые иногда ищут в этой фамилии, не находят подтверждения ни в словарях, ни в архивных документах.