Фамилия Волынер — одна из тех, где прозрачная основа обманчива, а суффикс выдаёт нерусское происхождение. Корень «волын-» сразу отсылает к исторической области Волынь (ныне запад Украины и часть Польши). Однако фамилия образована не по типичной русской модели «Волынский» (с суффиксом -ск-), а с помощью суффикса -ер, который в русском языке почти не встречается в исконных фамилиях. Зато он характерен для ашкеназских еврейских фамилий, особенно тех, что возникли на территории Австрийской и Российской империй в XIX веке.

Вероятнее всего, Волынер — это вариант фамилии Волынер или Волынер, то есть «человек с Волыни». В еврейской ономастике такие топонимические фамилии давали переселенцам или выходцам из определённых мест: Волынер, Подольер, Галицер. Суффикс -ер выполнял ту же роль, что русское -ский или немецкое -ер: указывал на происхождение. Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, жил на Волыни или был оттуда родом, а при переезде в другую местность или при получении фамилии в рамках обязательной паспортизации (в Российской империи это происходило в конце XVIII — начале XIX века) его записали по месту выхода.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь со словом «волынка» (музыкальный инструмент). Но тогда суффикс -ер необъясним: русская фамилия от такого прозвища звучала бы как Волынкин или Волынщиков. Поэтому версия с инструментом отпадает, если только не предполагать, что фамилия была искусственно переделана из польской или украинской формы, что маловероятно.

Фамилия редкая, в современных справочниках не имеет массового распространения. Её носители встречаются в основном в России и странах бывшего СССР, но в малом количестве. Сословная принадлежность предков, скорее всего, мещанская или купеческая — именно эти слои чаще всего получали топонимические фамилии с суффиксом -ер в черте оседлости. Дворянских корней у Волынеров не обнаружено, так как для шляхты типичны фамилии на -ский.