Фамилия Вонакова — женская форма фамилии Вонаков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Вонак. В русских говорах слово «вонак» или «воняк» могло означать человека с резким, неприятным запахом, неряху. В этом значении прозвище было нередким в крестьянской среде, где внешний вид и запах часто становились поводом для метких уличных кличек. Однако не исключён и другой корень: в некоторых диалектах «вона» значила «запах» вообще, без негативного оттенка, и прозвище могло относиться к человеку с острым обонянием или, например, к тому, кто работал с пахучими веществами — кожевником, смолокуром.

Модель образования проста: суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на принадлежность — «сын Вонака» или «род Вонаковых». Это типичная патронимическая фамилия, которая закрепилась в центральных и северных губерниях России, где прозвищные фамилии на -ов были особенно распространены. В словарях русских фамилий, например у Б. Унбегауна, похожие случаи разбираются как производные от прозвищ по физическим или поведенческим признакам. Вонаковы могли быть крестьянами или ремесленниками, но сословная привязка здесь размыта — фамилия встречается и в мещанской среде.

Интересная деталь: фамилия Вонаков — редкая, и её носители в основном сосредоточены в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае. Это может говорить о том, что прозвище возникло именно в тех местах, где диалектное слово «вонак» было в ходу. В других регионах фамилия почти не фиксируется, что делает её локальной и относительно молодой — вероятно, оформилась она не раньше XVII–XVIII веков, когда крестьянам начали массово присваивать фамилии по прозвищам. Если сравнивать с однокоренными фамилиями вроде Вонин или Воняев, то Вонаков стоит особняком: суффикс -ак придаёт основе более грубый, простонародный оттенок, что указывает на низкое социальное происхождение первых носителей.