Фамилия Ванакова образована от просторечной формы имени Иван — Ванака. Иван, в переводе с древнееврейского «милость Божия», было самым частым русским именем, поэтому его производные легли в основу множества фамилий. Но здесь интересна не столько основа, сколько суффикс: фамилия Ванакова заканчивается на -ов, а не на -ин, хотя исходное имя Ванака — женского рода по форме. Обычно фамилии от имён на -а получали суффикс -ин (Ивашкин от Ивашка), а здесь — -ов, что встречается реже и говорит о том, что модель образования могла быть нестандартной или более поздней. Возможно, фамилию зафиксировали в документах уже в форме притяжательного прилагательного мужского рода: «чей? — Ванаков», а потом переделали в женский вариант Ванакова.

Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, где диалектные формы имени Иван, вроде Ванака, были особенно живучи. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные варианты упоминаются как характерные для территорий, где аканье и редукция гласных влияли на произношение: Иван превращался в Вана. Таким образом, Ванакова — не просто «потомок Ванаки», а свидетельство живой народной речи, где имя сокращалось и меняло ударение. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Иванов, Ванин, Иванихин), Ванакова стоит особняком: она сохранила именно ту форму, которая почти не встречается в официальных святцах, но бытовала в быту.