Фамилия Ванаков образована от просторечной формы имени Иван — Ванака. Имя Иван, в переводе с древнееврейского означающее «милость Божия», было самым распространённым на Руси, и неудивительно, что его производные легли в основу множества фамилий. Ванака — одна из таких народных, обиходных форм, которая в повседневной речи заменяла полное имя. Потомка человека по прозвищу Ванака и стали называть Ванаковым.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: он отвечает на вопрос «чей?» и означает принадлежность роду. Ванаков — буквально «сын Ванаки». Эта словообразовательная схема — одна из самых распространённых в русской ономастике, но в данном случае интересна именно редкая основа: Ванака встречается реже, чем привычные Ваня, Ванька или Иванов.

Географически фамилия Ванаков встречается нечасто. Она не входит в число массовых русских фамилий, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она закрепилась в определённой местности, где форма Ванака была особенно употребительна. В отличие от фамилий на -ин (Иванин, Ванин), суффикс -ов в Ванакове указывает на более архаичную модель, характерную для северных и центральных областей России.

Таким образом, если вы носите фамилию Ванаков, ваши предки, вероятно, происходили из среды, где имя Иван произносили на местный лад — Ванака. Это не официальная, а именно народная, разговорная форма, которая со временем закрепилась как родовое прозвище.