Фамилия Винакова — женская форма фамилии Винаков. Её основа — прозвище Винак, и здесь есть два объяснения, но одно из них явно весомее. Самое вероятное: Винак — это именование по ремеслу, от слова «вино». Предок Винаковых, скорее всего, был винокуром, то есть занимался изготовлением вина. На это указывает и суффикс -ак, который в украинской и южнорусской традиции часто образовывал прозвища по роду деятельности (сравните: рыбак, козак). Так что фамилия, по сути, профессионалическая: она прямо называла занятие родоначальника.

Менее вероятная версия отталкивается от слова «вина». Если так, то прозвище Винак могло закрепиться за человеком с определённой манерой поведения: либо он всех обвинял, кроме себя, либо, наоборот, сам постоянно винился. Но эта гипотеза слабее — прозвища по профессии в основе фамилий встречаются гораздо чаще, чем психологические характеристики. К тому же слово «вина» реже даёт прозвища с продуктивным суффиксом -ак.

Сама фамилия Винакова — типичная «семейная» форма: потомок человека с прозвищем Винак получал фамилию Винаков, а его жена или дочь — Винакова. Географически фамилия чаще всего встречается на юге России и в украинских регионах, что дополнительно подтверждает «винокурную» версию: именно там традиционно было развито виноделие.