Фамилия Вонифатьев — один из тех случаев, когда церковное имя, попав в народную среду, обросло неожиданными вариантами написания. В основе лежит каноническое имя Вонифатий (от латинского bonifatius — «благодетель», «делающий добро»), но в русском обиходе его произносили и писали как «Вонифат», откуда и пошла фамилия на -ев. Если бы имя сохранило полную форму Вонифатий, мы бы имели Вонифатьев, а не Вонифатьев, но церковнославянское произношение с твёрдым «т» дало именно такой суффикс.

Интересно, что это одна из фамилий, где написание колебалось веками. В дореволюционных метрических книгах можно встретить и Вонифатьев, и Ванифатьев, и даже Онифатьев — от диалектного «аканья» и упрощения непривычного сочетания. Встречается также форма Вонифатов, но она реже: она образована от имени Вонифат как от полной основы, без стяжения. Ваш вариант с суффиксом -ев указывает на то, что предка звали именно Вонифат — в краткой, разговорной форме, как крестьяне и горожане переделывали длинные церковные имена.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России: встречается в архивах Вологодской, Костромской, Ярославской областей. Среди носителей были в основном крестьяне и мещане, реже — священнослужители. В среде духовенства имя Вонифатий давали редко, предпочитая более «книжные» формы вроде Вонифатьевский, так что Вонифатьев — скорее светская, мирская фамилия.

По сути, это отчество второго порядка: Вонифатьев — сын Вонифата. Редкость фамилии объясняется тем, что само имя Вонифатий никогда не было массовым в народе, его давали нечасто, а в советское время оно и вовсе вышло из употребления. Если у вас эта фамилия, велика вероятность, что предок был единственным Вонифатом в деревне — и его имя закрепилось за потомками как уникальный родовой знак.