Основой фамилии Ванифатьева послужило церковное имя Вонифатий. Мужское крестильное имя Вонифатий (Бонифатий) в переводе с латинского означает «благотворный, благотворящий», по другой версии - «добрая судьба». Скорее всего, основатель рода Ванифатьевых был выходцем из высшего сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ванифатий, со временем получил фамилию Ванифатьева.