Фамилия Ванифатьева образована от мужского крестильного имени Вонифатий. В русской народной традиции имя часто произносили и писали как Ванифатий — отсюда и основа фамилии. Латинское Bonifatius означает «благотворный», «благотворящий»; по другой версии, переводят как «добрая судьба». Имя пришло на Русь вместе с христианством и было распространено среди духовенства и знати, поэтому есть основания полагать, что основатель рода принадлежал к высшему сословию.

Фамилия построена по стандартной модели: к основе Ванифатий добавили суффикс принадлежности -ев-, а затем окончание -а, указывающее на женскую форму. Мужской вариант — Ванифатьев. Такая схема типична для русских фамилий, образованных от полных форм канонических имен: потомок человека по имени Ванифатий со временем стал записываться как Ванифатьев, а его дочь или жена — как Ванифатьева.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, где имя Вонифатий бытовало чаще. Поскольку имя редкое, фамилия осталась немногочисленной и сохранила архаичное написание с буквой «а» в начале, что отражает живое произношение, а не книжную норму. Сравните с однокоренными фамилиями Бонифатьев (латинизированная форма) и Ванифатов (усеченная основа) — все они восходят к тому же источнику, но разошлись в народной и официальной записи.