Фамилия Ванифатов — наглядный пример того, как народная речь перекроила церковное имя до неузнаваемости. В её основе лежит имя Ванифат, упрощённая форма крестильного имени Вонифатий. Латинское «bonifacius» означало «благотворный», а вторая версия перевода — «добрая судьба». Разговорная замена начального «Во» на «Ва» — не редкость: так же появились Ванифатьев, Ванифатьев, а иногда и просто Ванифатов.

Церковь поминает святого мученика Вонифатия 1 января. В народном календаре этот день оброс приметами, напрямую связанными с урожаем: ясная погода сулила хороший хлеб, звёздная ночь — обилие ягод, а сильный мороз при малом снеге — богатый урожай в целом. Тёплая и бесснежная погода, наоборот, предвещала неурожай. Таким образом, имя, данное при крещении, несло не только религиозный, но и хозяйственный оттенок, ведь от погоды в этот день зависело, каким будет год.

Суффикс «-ов» в фамилии указывает на принадлежность: Ванифатов буквально означает «сын Ванифата». Это типичная модель образования русских фамилий от полных или уменьшительных форм крестильных имён. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, где имя Вонифатий было распространено среди крестьян и духовенства.