Фамилия Ванифатова — редкий пример того, как церковное имя, пройдя через народное произношение, закрепилось в фамилии. В её основе лежит имя Ванифат, которое возникло как упрощённая, разговорная форма крестильного имени Вонифатий. Само имя Вонифатий пришло из латыни: одни исследователи переводят его как «благотворный» или «благотворящий», другие — как «добрая судьба». В православном календаре память мученика Вонифатия приходится на 1 января, и с этим днём на Руси связывали народные приметы: ясная погода сулила хороший хлеб, звёздная ночь — урожай, а тепло и отсутствие снега, наоборот, предвещали неурожай.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Ванифат добавился типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Ванифата). Окончание -а в фамилии Ванифатова — это женский род, который в русской традиции образуется от мужской фамилии Ванифатов. Такая форма часто встречается в документах, где запись велась по мужу или отцу.

Интересно, что имя Вонифатий в народе давало множество производных: Вонифат, Ванифат, Ванефат, а в некоторых говорах — даже Ванифатий. Фамилия Ванифатова закрепила именно тот вариант, который был в ходу в конкретной местности, — с начальным «Ва-» вместо церковного «Во-». Это не ошибка, а живое свидетельство того, как звучала речь предков.

Географически фамилия встречается редко, что типично для производных от имён, не вошедших в число самых популярных. Сословной привязки у неё нет: фамилию могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство, поскольку имя Вонифатий давали при крещении независимо от происхождения. Потомок человека по имени Ванифат со временем и получил фамилию Ванифатов, которая в женском варианте звучит как Ванифатова.