Фамилия Ванифатьев — одна из тех русских фамилий, которые не сразу узнаются на слух, хотя её основа уходит корнями в церковную традицию. В её основе лежит крестильное имя Вонифатий (в латинском написании — Бонифатий). Имя это попало на русскую почву вместе с христианством и имеет два основных толкования: с латыни его переводят как «благотворный, благотворящий», а по другой версии — «добрая судьба». Оба значения вполне укладываются в христианскую этику: имя давали в честь святого мученика Вонифатия, почитаемого за добрые дела и стойкость в вере.

Что сразу бросается в глаза — это народная переработка церковного имени. Вместо строгого «Вонифатий» в быту закрепился вариант «Ванифатий», с характерным для русской речи смягчением и упрощением звучания. От этого разговорного варианта и пошла фамилия: Ванифатий → Ванифатьев. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Ванифатия». Такую модель образования называют «патронимической» — самой распространённой среди русских фамилий, но в данном случае исходное имя редкое, что делает фамилию заметной на фоне массовых Ивановых и Петровых.

Фамилия Ванифатьев встречается нечасто, и это тоже говорит о её происхождении. В крестьянской среде имя Вонифатий не было популярным — его давали чаще в среде духовенства или в старообрядческих семьях, где ценили редкость и «книжность» имени. Поэтому носители фамилии Ванифатьев, скорее всего, потомки либо церковнослужителей, либо людей из среды, где имя выбирали не по моде, а по календарю, не боясь сложного произношения.

О точном времени и месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс закрепления фамилий в России растянулся на несколько веков, и редкие имена часто давали фамилии в разных губерниях независимо друг от друга. Но в любом случае, Ванифатьевы — это живой след той эпохи, когда церковное имя, пройдя через народный язык, превращалось в родовое прозвание.