Фамилия Ванифатьев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Ванифатьев послужило церковное имя Вонифатий. Мужское крестильное имя Вонифатий (Бонифатий) в переводе с латинского означает «благотворный, благотворящий», по другой версии - «добрая судьба». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ванифатий, со временем получил фамилию Ванифатьев. О точном месте и времени возникновения фамилии Ванифатьев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ванифатьев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.