Основой фамилии Ванифатьев послужило церковное имя Вонифатий. Мужское крестильное имя Вонифатий (Бонифатий) в переводе с латинского означает «благотворный, благотворящий», по другой версии - «добрая судьба». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ванифатий, со временем получил фамилию Ванифатьев.