Фамилия Ванифатьев — один из тех редких случаев, когда просторечная народная форма церковного имени закрепилась в официальной фамилии. В основе лежит мужское крестильное имя Вонифатий (в латинском написании Bonifatius), которое в переводе означает «благотворный» или «благотворящий». Вторая версия трактует его как «добрая судьба».

В русском быту полное имя Вонифатий звучало тяжеловесно, поэтому в повседневной речи оно сокращалось и меняло ударение. Появились формы Ванифатий и Ванифат — с характерной заменой начального «Во-» на «Ва-». Именно от этого обиходного варианта и образовали фамилию: сначала отчество Ванифатьев («сын Ванифатия»), а затем и родовое прозвание.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ев присоединился к основе Ванифать- (от имени Ванифатий). Это типичная патронимическая фамилия, каких много в русском ономастиконе. Интересно, что по той же схеме возникли фамилии Вонифатьев и Бонифатьев — они однокоренные, но образованы от более книжных версий того же имени. Встречаемость фамилии Ванифатьев невысока, что объясняется редкостью самого исходного имени в крестьянской и мещанской среде.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные случаи перехода церковных форм в народные описываются как обычное явление для фамилий, возникших в XVI–XVII веках. Носители фамилии Ванифатьев, скорее всего, происходят из тех регионов, где акающее произношение (замена «о» на «а» в безударных слогах) было нормой — это центральные и южные области России. В документах XIX века фамилия могла записываться и через «о» — Вонифатьев, но в быту сохранялась именно та форма, которая закрепилась в современном написании.